Eu estava querendo fazer o caminho inverso. Sair da Canon pra Nikon. Comprei uma D700 pra ver se eu gostava, fotografei um bocado com ela, e resolvi continuar na Canon. Vou vender a D700. Cada uma tem suas vantagens e desvantagens, mas as vantagens da Canon são mais uteis pra mim.
Muita coisa envolvida na sua pergunta é questão de gosto, principalmente a questão da posição dos botões. Pra decidir você tem que pegar a câmera na mão, tirar umas fotos e sentir o equipamento.
Outros fatores são questão de necessidade. Tem recursos que são ótimos pra alguns e inúteis para outros. Vai do uso de cada um.
Mas vou tentar ser o mais objetivo possível nas suas dúvidas, dando minha opinião.
1 - Robustez. Não conheço a D7100, mas se vc está acostumado com câmeras no nível da D4, D700, 5D mark iii, 1Ds, etc, pode achar a 6D menos parruda, e ela realmente é. Mas isso tem uma vantagem: menos peso e menor tamanho.
2 - ISO - Isso varia do uso de cada um. Eu odeio usar flash, então um bom desempenho em ISO alto pra mim é fundamental. Pra quem só fotografa de dia ou usa flash, pode não fazer diferença. Tenho fotos que eu adoro que tirei com ISO 8000 na 6D, com ruído bem aceitável. Semana passada fiz um ensaio na rua à noite, sem flash, e seria impossível com uma câmera q não tivesse bom desempenho em ISO alto.
3 - DR - O Dynamic Range das Nikons novas é um pouco melhor que das Canons, mas na boa... pra que eu vou precisar recuperar -5EV de sombras? Se eu errei desse tanto eu deleto já na câmera.. Tem um povo que fica recuperando tudo quanto é sombra e depois fica aquele monte de foto chapada sem sombras.. Feio d+
4 - Sensor full frame - Já fotografei com cropada e minha fotografia deu um salto depois que passei a usar FF. DOF mais curto, cores melhores, mais detalhes.. Mas também depende do uso e do estilo de cada um..
5 - Pontos de Foco - Pro meu uso, se a câmera tem 1 ou 256 pontos de foco, pra mim não faz diferença alguma, pois eu sempre uso o ponto central com a técnica de focar e recompor. Mas se vc usa, faz diferença, já que a 6D só tem 11.
Mas em relação aos pontos de foco, tem gente que esquece de uma coisa: mesmo que a câmera tenha 51 pontos de foco como a D700, todos os pontos são dispostos no centro do frame. A área coberta por eles nem aumenta tanto.
Eu acho que seria uma troca que valeria a pena. Mas já q vc já tem Nikon, dê uma olhada nas D600/D610 também. São ótimas e tem um excelente custo/benefício.
Ah, quanto ao botão de ISO, eu não gosto de nenhuma das duas, nem Canon nem Nikon. Acho as duas posições horríveis. Pra mim o ideal seria na posição do DOF Preview, mais ergonômico pra posição que eu fotografo, mas infelizmente não conheço nenhuma câmera q dê pra configurar esse botão pra mudar o ISO.