Normalmente se usa a movimentação da câmera ou do assunto, mas pode-se fazer também com a mudança do foco na lente mesmo.
Pra que usa ou já usou o MagicLantern, ele tem uma função para fazer essa mudança de foco da lente automático. Você diz quantas fotos e quanto o foco muda a cada foto. Ainda não testei efetivamente isso, mas vi que tem e funciona.
Eu estou brincando/desenvolvendo um sistema que muda o assunto (depois passo para a câmera) que gaste pouco $$ e funcione bem. Pra quem quiser da uma olhada tem esse tópico
http://forum.mundofotografico.com.br/index.php?topic=107774.msg1109193#msg1109193 onde mostrei o inicio da ideia. Já esta um pouco mudada e melhorada. Tenho conseguido passos bem pequenos, nos últimos testes consegui 10 passos por milímetro.
Ainda estou testando coisas do tipo abertura do diafragma X numero de passos = área de foco aceitável
abs