Então, Pacheco...
Analisando seu problema de um ponto de vista Nikônico, acredito que você esteja usando o iTTL-BL pra fazer fotos onde o flash é a fonte de luz principal/única.
E qual o problema dele? O que o BL faz é usar o flash pra compensar a exposição, isto é, pra preenchimento. Isso significa que ele deve ser usado apenas em ocasiões que o flash não for a fonte principal de luz, por exemplo em externas etc.
No seu caso, ele tentou equilibrar a luz do flash com a luz ambiente, que, pelas suas informações de exposição, devia ser quase inexistente, então o resultado foi subexposição mesmo.
Mudando o modo do flash pra iTTL normal (sem o BL), aí ele não tenta equilibrar com a luz ambiente e os resultados são melhores. Mas mesmo assim, volta e meia tem que dar uma compensadinha pra cima na exposição.
Espero ter ajudado!
Abraços!
-- thiago