Ele tem duas funções em 1.
AE-L é auto exposure lock: Quando estiver usando algum dos modos de medição automáticos, você pode apontar a câmera para um referencial de tom cinza médio, segurar o botão pra travar a exposição pra seu referencial, recompor e fazer a foto.
AF-L é auto focus lock: Serve pra quando vc tiver usando AF-C. Como o botão de autofoco é o mesmo do disparador, vc pode travar o foco com o AF-L pra fazer a foto caso não queira refocar.