Já faz um tempo que li uma dica sobre usar os dois slots disponíveis na maquina (dependendo do modelo, claro) e usar dois cartões juntos, um SSD normal e um Compact Flash (CF). Se um der problema as fotos estão salvas no outro. O lance é que ainda nõa sobrou grana pra comprar esse compact flash, que é bem caro.
Outra dica que sempre leio é não remover o cartão enquanto os dados estiverem sendo transferidos.
Outro cuidado é lance com temperatura de trabalho.
Agora, fora isso (no seu caso) eu acho que pode ter sido um lote dessa loja que esteja com problemas mesmo (talvez as condições de armazenamento da loja? Talvez tenha vindo do fabricante assim. Não sei, apenas supondo).
O que aconteceu é terrível pois além das fotos perdidas você ainda fica com a dúvida se foi mesmo uma coincidência dos dois cartões darem defeito ou se pode ter sido algo que você fez. Além de pesquisar o problema, só resta mesmo pegar cartões novos e ir testando.