Até onde eu sei a única configuração da câmera que influencia no arquivo RAW é o black frame - redutor de ruído de longa exposição.
Todas os outros ajustes ou filtros oferecidos na camera se aplicam somente ao JPG, e como dito podem aparecer aplicados na imagem quando importadas no Lr apenas como uma sugestão, um preset que foi selecionado na hora do clique, como no caso do WB por ex.
Mas isso tudo é passível de ajuste uma vez que o arquivo cru é como é, contem as informações nativas, todo o resto é aplicado pós execução, mesmo dentro da própria camera.