A D90 é uma máquina maravilhosa, mas foi lançada em 2008 e sendo assim, é um equipamento com bastante tempo de uso. Já a D3200 tem lançamento um pouco mais recente, 2012, porém é uma câmera com resolução de 24,2 MP (contra 12,3), que teoricamente foi menos utilizada, uma vez que a D90 foi usada largamente por diversos fotógrafos como primeira câmera, fato que não creio que aconteça com frequência com a D3200.
Ambas são APC-C, com faixa de ISO similar, bem como a quantidade de disparo contínuo (4,5 D90 x 4 D3200), porém a D3200 filma em full hd, já a D90 apenas HD. Por outro lado a D90 tem motor de foco embutido, a D3200 não.
Minha opinião é que você deveria ficar com a D3200, pela possibilidade de encontrar uma câmera com menor tempo de uso (senão nova) e maior resolução das imagens, pois vejo que as duas são basicamente muito parecidas, porém uma é 4 anos mais velha que a outra.