Cara considerando que você vai fazer vídeos, dessas 3 opções eu escolheria a 90D, por vários motivos:
1- Lentes EF-S (APSC) da Canon são boas e baratas. Ex: 24MM 2.8 Pancake, 40MM 2.8 Pancake, 10-18;
2- Filmagem 4K com Dual Autopixel e sem corte no sensor;
3- Filmagem FullHD com alta resolução.
Mesmo que futuramente, digamos, você queira fazer um upgrade para uma câmera da Sony, seja Fullframe ou Crop, há a possibilidade de uso das lentes da Canon com motor de autofoco, usando um bom adaptador. Se você optar pela Sony, as lentes são caras, muito caras, e na minha opinião entregam o mesmo resultado praticamente.
6D Mark 2 é boa, por ser Fullframe, excelente cãmera mas não acredito que ela vale a pena nos dias de hoje . Pelas características, uma RP seria mais interessante (mirrorless, lentes RF, lentes EF/EF-s com adaptador, possibilidade de lentes manuais, foco no olho, etc)
Sony A6600 - eu não testei a A6600, só mexi até 6300 e é uma boa câmera, mas ainda sinto o sistema de foco da Canon Autopixel um pouco melhor do que da Sony.
Pelas características atuais, ficaria com RP ou 90D, dando preferência pra RP se não vai usar muito 4K.