https://www.canonrumors.com/lens-design-comparison-canon-ef-50mm-f-1-8-stm-and-the-canon-rf-50mm-f-1-8-stm/
Segundo os entendidos, é praticamente o mesmo design.
E não aproveita a flange curta, veja que os elementos óticos foram afastados do sensor.
O grande diferencial pode ser esse elemento em verde.
EU não sou entendedor de lentes haha, mas olhando o projeto me parece que há sim alguma diferença nos tamanhos de alguns elementos óticos e isso pode fazer uma grande diferença na qualidade ótica.
De maneira geral, a Canon , Nikon, Fuji e todos os fabricantes melhoram os seus projetos de uma versão pra outra. Aqui mesmo no fórum tem o review da 50MM 1.8 STM EF e alguém postou as fotos comparando com a versão anterior 50MM 1.8 II - é visível a diferença na abertura máxima e em aberturas mais fechadas, a STM é melhor (não é uma coisa tãoooo abissal, mas há diferença e vantagem pra STM) nas cores, contraste, bokeh, etc. A 50MM 1.8II era inutilizável em abertura máxima; já a STM dá pra usar, não é o ponto máximo de nitidez, mas ela é bem utilizável.
Creio que nessa nova RF com certeza farão melhorias, não tenho dúvida disso. O bom é que o sistema terá uma 50MM de baixo custo, algo que estava faltando no sistema RF.