O negócio é o seguinte: eu geralmente formato o cartão na própria câmera, ou então uso a formatação que vem de fábrica. Que eu me lembre, o padrão nos cartões SD é usar o FAT16 e nos SDHC, o FAT32. São esses os sistemas de arquivo com os quais sua câmera irá formatar o cartão.
Dito isso, o Windows consegue ler FAT16, FAT32 e NTFS. O fato das partições Windows do HD do seu computador serem NTFS não influi absolutamente nada no resto, pois seja quando você plugar a câmera no computador, seja quando usar um leitor de cartões, o Windows consegue ler e gravar no cartão porque ele está formatado em um dos sistemas FAT, que são aceitos pelo Windows.
Então, duas coisas importantes:
1. Não é preciso mudar os sistemas de arquivos usados nas partições do HD do computador. O fato de todos eles serem NTFS não impede o Windows de conseguir ler qualquer outra mídia com partições FAT.
2. Formatar o cartão na própria câmera ou usar a formatação de fábrica. Formatar o cartão pelo Windows, usando um leitor de cartões, é possível, mas não recomendado, pois se você formatá-lo com o sistema de arquivos incorreto (FAT32 num cartão SD não-HC ou ainda NTFS em qualquer tipo de cartão) a câmera não consegue gravar nele.
É isso!
Abraços!
-- thiago