Pode ter a melhor câmera do mundo, ela vai errar o foco as vezes... é assim mesmo.
Mas se chega a 40% tem algo de errado aí!
Sendo tão frequente pode estar com algum problema nela, mas lembrando que a 6D só é boa no ponto central.
Tente usar a bombinha fuc-fuc no sensor de foco dela, com o espelho levantado.