Cara não tenho Nikon muito menos o flash SB, mas tenho um problema similar num flash que tenho da Yongnuo. É um modelo bem antigo, YN465. Ele faz isso de demorar para disparar. Tenho que esperar uns 2 minutos, aí então ele aciona. Se eu fizer várias fotos em sequência funciona corretamente. Acredito que esteja com problemas no IGBT ou capacitor.
No seu caso eu testaria o flash em outra câmera, pode testar também em um disparador rádio ou no modo escravo ótico para eliminar a possibilidade de ser problema do flash.
Se ele funcionar, pode ser que haja algum pepino nas configurações ou até mesmo na sapata da câmera.