Não tem muito segredo não. Captura a sequencia de imagens, nos mesmos moldes de um time lapse normal.
Depois pega a primeira foto e escolhe as áreas que estarão em foco e onde ficará o desfoque. Se usar o PS, tem agluns tutorias de como se faz.
Depois cria uma bath com o passo a passo do desfoque e manda ver em todas as outras imagens.
Junta tudo e pronto.