Bucephalus infelizmente hoje o RAW não é mais RAW como a algum tempo atrás.
Diversos ajustes na câmera afetam também o RAW, de forma irreversível.
Dentre estes ajustes que afetam diretamente o RAW posso citar:
1 - Tratamento de ruído: Isso mesmo, o nível de tratamento de ruído selecionado na câmera irá afetar tanto o JPG como o RAW. Hoje em dia grande parte do tratamento de ruído é feito durante a conversão A/D, o que impossibilita que ele seja revertido posteriormente (mesmo em RAW). Se você seleciona um modo muito agressivo de tratamento de ruído pode ter perdas significativas de retenção de detalhes para a conversão, apesar de ter maior facilidade de tratar o mesmo na conversão, devido à menor intensidade.
2 - Prioridade de preservação de luz alta (como lembrou o Pictus): Também afeta o RAW, porque também é feito na etapa conversão A/D (que passa a favorecer o sinal de alta luz em detrimento do de luz baixa), promovendo impactos significativos e irreversíveis no arquivo. Você terá altas luzes melhores, mas luzes baixas piores para converter.
3 - Modos de latitude: Assim como o anterior ocorre na conversão A/D e é irreversível. Ganha-se em latitude, mas perde-se em transições, deve ser usado com moderação.
Além disso, como bem lembrou o Alexandre, grande parte dos ajustes são carregados em metadados, que podem ou não ser utilizados na conversão, de acordo com seu interesse e necessidade.