Ao considerar sua aquisição, veja qual câmera você quer ter no futuro. Veja qual tendência você quer seguir. Veja a 5DMK2, 1DSMK3 e 50D da Canon e as D3/D3x/D700/D300 da Nikon. Pesquise um pouco sobre as lentes.
Assim como gularth optou pela Canon, optei pela Nikon, e tenho certeza que ele está satisfeito assim como eu estou, e você estará optando por qualquer uma destas.