Ivan o caso em questão é um caso onde isso se tornou bastante evidente, mas já faz muito tempo que isso tem sido praticado, a pioneira foi a Canon. O problema é que a Sony simplesmente errou a mão e aplicou um tratamento tão grande quanto aplicava no JPG e não deu a menor opção de remover este processo, o que chamou muita atenção para o problema.
Esta questão foi posteriormente corrigida. Mas só para você ter uma idéia, grande parte deste processo é feito hoje por hardware no próprio chip, que identifica o ruído por um processo estatístico.
Esta redução de ruído no RAW surgiu na Canon 10D (já via hardware no processo de conversão A/D), por isso que por muito tempo a Canon era considerada campeã de ruído, enquanto na verdade destruia texturas durante a execução deste processo estatístico (dai eu levantar a importância de se considerar a relação entre ruído e nitidez para perceber o que está ocorrendo).
A Sony simplesmente levou isso a um nível intolerável, tanto que abriu espaço para a implementação dos ajustes em mais de um modelo (não só na Sony).
Como eu disse anteriormente, o método que muitos denominam de Dark Frame não remove ruído (ele não tem capacidade estatística para isso, pois não é uma amostra, é um único dado), ele serve apenas para mapear problemas fixos(que geram o aparecimento de pontos abertos, muitas vezes confundido com o ruído de croma), mas vão juntas algumas texturas, praticamente acabando com a imagem. Ele também só costuma ser aplicado em longas exposições (isso consta no próprio manual das câmeras) e a maioria esmagadora das câmeras permitem desligar esta funcionalidade (de cabeça eu não me lembro de nenhuma SLR que não permita).
O tratamento de ruído a que me refiro é o estatístico (similar ao descrito no paper que você postou), que na verdade trabalha com probabilidades de ocorrência de ruído em áreas da imagem para suprimir pontos de prováveis fontes de ruído, é um processo similar ao dos JPG que já a muito que é usado em chips e conversores A/D para limpar a imagem, em muitos casos até durante a conversão A/D.
O RAW já não é "puro" no momento em que você precisa converter um sinal analógico em um sinal digital e neste caso muitas empresas aplicam funções para otimizar o sinal obtido. A maioria dos fabricantes têm implementado rotinas neste processo que permitem a identificação e a supressão de possíveis sinais carregados de ruído, ainda neste estágio do processo, esta é uma rotina mais do que comum, não é um rumo da modernidade, em Scanners este processo é adotado a mais de 15 anos, o que difere este processo dos adotados no JPG é que normalmente ele forma a imagem base que será processada posteriormente, então a intnsidade com a qual se interfere neste processo afeta os resultados globais do equipamento, o que reduz a capacidade limite de trabalho do usuário, uma vez que este já parte de um nível de tratamento maior, realizado durante o processo de conversão A/D.