Ivanir, qualquer uma das cameras te dará excelente retorno.
Na comparação que vc fez, acredito que o número de pontos de foco, em função da pequena diferença, não é muito significativo. A quantidade de modos de cena somente será se vc usar a camera em automático, o que é desaconselhável pois vc não irá ter tudo o que a camera pode oferecer.
A D5000 tem um excelente sensor e é mais robusta, mas tem o problema do motor de foco que acaba inviabilizando o uso de lentes mais baratas.
A T1i, como toda Canon, não tem este problema já que toda lente Canon tem seu próprio motor de foco. Além disso, os acessórios tendem a ser mais baratos. Em compensação, ela aparenta ser mais frágil e a pegada não é tão "boa", a não ser que vc coloque um grip (um grip com botões funcionais custa de 40 a 50 dólares no ebay).
Em qualidade de imagem, são equivalentes com pequena superioridade da Nikon.
Em qualidade de filme, a Canon é superior.
Ou seja.. É uma escolha complicada, se possível teste e manuseie as duas e veja o que te agrada mais.
Abçs