Gafri, a Nikon tem cameras com ou sem motor de foco no corpo e lentes com ou sem motor de foco também. A regra é a seguinte, se vc pegar uma camera com motor de foco, como a D90, vai fazer autofoco com qualquer lente, tenha ela seu próprio motor ou não. Se a lente tiver motor, este é usado porque a focagem usando o motor da lente tende a ser mais rápido e preciso que o motor do corpo.
Já se vc pegar uma D5000, só vai ter autofoco em lentes que tem motor de foco. Se pegar uma AF 50mm f/1.8D por exemplo (se eu estiver errado no modelo, por favor alguém que conheça melhor Nikon me corrija) terá que fazer foco manual nesta camera.
Já nas Canon todas as lentes tem motor de foco, então qualquer lente Canon EF ou EF-S fará autofoco em qualquer camera Canon, sendo que mesmo assim algumas lentes Canon, como a própria 50mm que é a lente mais comum depois das lentes de kit, é mais barata que a 50mm Nikon. Neste caso, a Nikon é mais robusta, mas não tem motor de foco, a Canon é mais simples, mas tem motor de foco como todas as outras Canon.