Existe uma diferença muito grande na forma como um programa ou outro trata os ruídos durante o processo de conversão. Até bem pouco atrás dizia-se que os conversores baseados no ACR da Adobe (PS e LR) eram os piores conversores RAW que existiam, principalmente na renderização de cores e tratamento de ruído. Não sei se era ou continua sendo verdade, mas, mesmo que seja verdade, no final das contas a grande maioria dos fotógrafos usa PS e LR para fazer a conversão pela praticidade (ou desconhecimento), mesmo em detrimento da qualidade final.
Falando apenas da minha experiência, sempre considerei que o DPP da Canon gera imagens muito melhores que o LR. O tratamento de ruído também é feita de forma diferente e na minha opinião é muito melhor no DPP, pelo menos até a versão 2.7 do LR. No entanto, até mesmo eu uso o LR na maioria das situações pela praticidade, deixando para usar o DPP quando a quantidade de fotos é muito grande (aí aproveito a característica do DPP de ler os metadados da foto, já gerando um JPG pronto, como se tivesse saído da camera) ou quando necessito de qualidade extrema.
Segundo o pessoal da Nikon, o CaptureNX também é melhor que o LR nestes quesitos, o problema é que pouquíssimas pessoas usam o programa da Nikon porque, ao contrário do conversor da Canon que é gratuito, o conversor da Nikon é pago e tem que ser adquirido separadamente.
Já o RawTherapee é fantástico, pena que é lento. Com ele pode-se inclusive escolher entre algoritmos diferentes de redução de ruído, sendo que cada um é mais apropriado para um tipo de ruído.
Acho que aqui no forum tem, ou tinha, gente com bastante conhecimento sobre isso. Não sei ao certo, mas acho que o Pictus é um deles.
Abçs