Entre as duas cameras citadas, eu iria de Canon por dois motivos:
1) A D3000 assim como outras cameras de entrada da Nikon não tem motor de foco no corpo e não fazem autofoco com algumas boas e baratas lentes Nikon, como a 50mm f/1.8 e 85m f/1.8. Mesmo como amador, quando vc começar a aumentar o teu set de lentes, isso vai pesar.
Já a Canon não tem este problema, vc terá autofoco com todas as lentes feias para baioneta EOS.
2) A D3000 ainda usa sensor CCD, aliás, é a última Nikon a usar este tipo de sensor já que todas as novas usam sensor com tecnologia CMOS. Embora tem gente que goste das "cores" dos CCD's, na prática este tipo de sensor gera muito mais ruído. O nível de ruído gerado pela D3000 é muito maior que pela 1000D. Vc pode verificar isso aqui
http://www.dpreview.com/reviews/nikond3000/page23.aspPergunta, não entra a D3100 no jogo ?? Embora o problema do foco continue, até onde eu sei o sensor é bem mais moderno. Aí, dependendo do preço, a escolha já não fica tão simples.
Abçs