Lucas,
Antes de mais nada tente o seguinte procedimento:
1. Retire a lente e coloque a tampa no corpo.
2. Confirme se o modo de redução de ruídos para longas exposições está ON nas funções customizadas.
3. Ative o modo trava do espelho para limpeza do sensor.
4. Após 30 segundos a 1 minuto, desligue a câmera (desligue direto, sem desativar as funções).
Teste novamente com o DeadPixelTest, com uma imagem em ISO 100 e exposição de 30 segundos. Se a imagem passar com contagem 0 para threshold 60, está tudo OK. Caso ainda não passe, você pode aumentar progressivamente o tempo do passo 4 até 5 minutos. Sugiro não aumentar mais de 30 segundos de cada vez, e a cada tentativa passar novamente o DeadPixelTest.
Se ainda assim o programa continuar acusando dead/hot pixels, vale tentar uma troca em garantia, ou no mínimo enviar a câmera para a Canon fazer um mapeamento do sensor.
Vale dizer também que isto é uma loteria - após a troca a câmera nova pode ter até mais pixels problemáticos.
Minha XSi quando nova acusava 2 hot pixels, depois do procedimento ela passa com 0 mesmo com o threshold abaixo de 10.