Existem algumas diferenças (ou pelo menos deveriam existir) nas lentes macro verdadeiras, como a EF 100mm f2.8.
Em primeiro lugar, são construídas para ter a menor distorção possível. A lente citada acima é praticamente isenta de distorções.
Depois, muitas vezes o "Plano focal" das lentes comuns não são assim tão planos. Um exemplo é a Tamron 17-50 f/2.8 que aparentemente tem um "plano focal" que torce para trás (enquanto o mais comum é ele curvar-se para a frente). Por isso muitas vezes pessoas que estão nas bordas da foto mas em paralelo com as pessoas que estão no centro ficam levemente fora de foco quando se utilizam aberturas maiores, mesmo a lente tendo boa nitidez de borda.
Nas lentes macro, em virtude da estreitíssima profundidade de campo, esse efeito pode ser muito danoso. Por isso as lentes macro são construídas para ter o plano focal o mais efetivamente plano possível.
E finalmente, o sistema de foco é levemente diferente. Precisão e velocidade de foco muitas vezes andam em sentido contrário. O sistema de autofoco das lentes macro é otimizado para precisão, em detrimento da velocidade.
Que eu lembre, é isso..