Melhor é sempre relativo, rs.
Já usei o LR3, é mais rápido que o Aperture e a conversão de raw de um modo geral se sai um pouco melhor.
Porém prefiro o Aperture. A integração e comodidade com o sistema mac e os outros dispositivos (iphone, ipad) é bem mais fácil. Outro destaque é a forma de organizar as fotos, acho mais fácil, mais lógica.
O melhor mesmo é baixar os dois e testar a fundo durante um tempo. Considere também que a Adobe acabou de lançar o LR4, sem dúvida um vai ser um belo programa.
A decisão acaba sendo bem pessoal, tem milhões de opiniões pessoais, assim como canonxnikon.
Abraço!