A 60D assim como todas as outras Canons mais modernas não tem como saber o número exato de clicks a não ser através da assistência técnica.
A numeração que a câmera vai assumir é sempre a maior entre o do seu registro interno e da última foto do cartão de memória. Se comprar a câmera zero e colocar nela um cartão onde a última foto é a IMG_5000, a próxima foto será a IMG_5001, e esse valor ficará registrado internamente. Para zerar novamente a câmera é necessário alterar as configurações (não tenho o manual aqui para dizer como faz).
Também tenho duas câmeras e tenho o hábito de sempre formatar o cartão assim que o coloco na câmera. Além de evitar problemas com numeração, ainda garanto que a tabela de alocação do cartão está vazia, minimizando a chance de erros de gravação.