Ana, qualquer câmera irá produzir ruído se vc aumentar a exposição em 2,5 pontos. Umas mais, outras menos, mas todas irão gerar ruído e devido à tecnologia usada na sua D3000, ela é uma das que mais vai gerar ruídos quando fizer isso.
Aumentar a exposição em 2,5 pontos vai gerar mais ruído nas sombras do que se tivesse feito a foto em ISO 1600, porque a exposição foi levantada via software e não hardware. E neste caso, até que não está mal não.
A chave para ter fotos isentas de ruído é fazer a fotometria corretamente. Se o LR aumentou a exposição em 2,5 pontos, significa que sua foto estava muito subexposta. Reveja seu fluxo e como está configurando a câmera. No seu caso, não existia necessidade de usar f/9.0 nesta foto.