O Mr. Hyde já falou tudo! Mas quero só colocar minha opinião. Eu já pude testar bastante as duas, e em termos de nitidez, cores, contraste, elas são bastante equivalentes, indistinguíveis. Achei a construção da 100mm um pouco melhor, mas a 60mm é bem construída também. Só que, não sei explicar porque, gostei mais das fotos que fiz com a 100mm. Talvez pelo ângulo, pela perspectiva, não sei, mas todas me parecem mais agradáveis. Ou talvez seja pelo bokeh. Não sei explicar, mas depois de usar um tempo uma 100mm emprestada, não gostei de voltar a usar a 60mm.
Depois de um tempo, troquei a Canon 60mm f/2.8 por uma Tamron 60mm f/2 (que também faz macro 1:1), por causa da abertura maior, já que eu usava mais para retratos do que para macro. Outra bela objetiva, perde muito em construção e velocidade de foco, mas ganha em abertura, o desfoque de fundo para retratos era fenomenal. E é extremamente nítida, com ótimas cores, com certeza uma alternativa a se considerar.
Abraços