Eu tenho as 3!
5D Mark III, 6D e 5D Mark II.
Entre 6D e mark II, 6D sem pensar.
Mas se você puder comprar a mark III, você ganhará nos aspectos abaixo:
1 - Sistema de AF bem melhor e avançado, com inúmeras possibilidades e muitos pontos cruzados (alguns duplamente cruzados próximos ao centro). Isso faz toda a diferença. A 6D só tem o central duplamente cruzado, que é super bom, talvez melhor do que os duplamente cruzados da mark III. Mas só dá para usar o cetral. E a mark II tem o central cruzado, mas é fraquinho..
2- Quando eu usava a mark II, eu só usava o central. Com a mark III eu aprendi a usar os pontos de foco e agora com a 6D eu passo raiva só com o central novamente...
3- Possibilidade de usar 2 cards simultaneamente. Isso sim é uma vantagem sensacional. Backup na hora! Já me salvou uma parte de um casamento. O CF corrompeu tudo, mas eu estava salvando no SD também.
4- Corpo mais robusto, com mais atalhos em botões. Senti falta do botão para compensação de flash na 6D.
5- Viewfinder maior, que facilita muito na composição. Para mim é uma baita vantagem.
6- Câmera mais rápida. Pode ser útil em alguns jobs.
Enfim, para mim a 6D funciona legal para terceira camera, ou para o segundo fotógrafo usar. Eu prefiro as mark III como principais, sem dúvida..