Microdrive é um mini HD com partes mecânicas, o CF é um dispositivo de estado sólido (um chip).
O microdrive é mais sensível a impactos e vibrações intensas, enquanto o CF praticamente não sente pequenos tombos.
A maior vantagem do microdrive é sua velocidade, ele costuma ser mais rápido do que a grande maioria dos CF, tanto em leitura como em gravação.