Boa noite Silveirinha.
A alguns anos venho utilizando apenas o linux para edição das minhas fotos, e como principal ferramenta utilizo o darktable, ferramenta que considero muito poderosa e versátil. Concordo contigo que algumas implementações ainda fazem bastante falta, como por exemplo a possibilidade de tratamento seletivo, que está disponível apenas na versão de teste, mas que já funciona muito bem.
Está em desenvolvimento uma ferramenta melhor de histórico, que permita desfazer uma ação isolada como você questionou, mas dentro de cada módulo é possível resetar o valor de um único campo, e não do módulo todo, apenas dando um duplo clique na ferramenta que deseja desfazer a alteração.