Eu já tive as duas, cada hora minha opinião muda. Acabei optando pela 50/1.4 (essa é minha 3ª cópia!) pra poder desfocar o fundo com maior facilidade, mas a verdade é que em qualidade de imagem elas são bem próximas mesmo. A 40/2.8 dá pra usar em f/2.8 tranquilo! A 50/1.4 eu evito usar totalmente aberta, pelo menos para trabalhos, prefiro usar no mínimo f/1.8...
O AF da 50/1.4 é mais rápido, mas o da 40/2.8 não faz feio não, mesmo sem ser USM. Em tamanho e peso não tem nem como comparar, a 40/2.8 é um show.
A escolha fica mesmo aí, entre f/1.4 ou tamanho e peso reduzidos.
Abraços