Não sei se isso ainda funciona, mas antigamente o que se fazia era baixar o Adobe DNG Converter. Esse é free e está sempre atualizado.
Com ele, vc pode converter os seus CR2 em DNG, e aí pode trabalhar normalmente com o 4.1. Se deixar a opção de gravar as edições em side-cars .xmp, depois de atualizar o LR pode abrir o CR2 novamente e aplicar as edições que já tinha feito usando os DNG como base.